연말정산 언제까지 해야 하나｜제출 기한, 회사 처리 일정, 놓쳤을 때 대처 방법 총정리

연말정산 언제까지 해야 하나｜제출 기한, 회사 처리 일정, 놓쳤을 때 대처 방법 총정리

직장인이라면 매년 초 가장 신경 쓰이는 게 바로 연말정산이죠.
‘언제까지 자료를 제출해야 하는지’, ‘회사에서 언제 처리되는지’, ‘혹시 놓치면 어떻게 해야 하는지’ 헷갈리는 분들이 많습니다.

이번 글에서는 2025년 기준 연말정산 일정, 제출 기한, 회사별 처리 절차, 놓쳤을 때 보완 방법까지
한눈에 이해할 수 있도록 정리해드리겠습니다.

 

 

 

 

 

 

1. 연말정산 기본 개념부터 정리

연말정산은 한 해 동안 급여에서 원천징수된 세금을
실제 공제 항목을 반영해 ‘많이 냈으면 환급, 덜 냈으면 추가 납부’하는 절차입니다.

즉, 1년(1월~12월) 동안의 소득과 지출 내역을
다음 해 초(1월~3월) 사이에 정리해 국세청과 회사가 최종 조정하는 과정이라고 이해하면 됩니다.

 

 

 

2. 연말정산 전체 일정표 (2025년 기준)

구분	주요 일정	담당 주체	설명
간소화 서비스 오픈	1월 15일	국세청	의료비, 교육비, 카드사용액 등 조회 가능
자료 제출 준비 기간	1월 15일 ~ 1월 19일	근로자	자료 확인 및 누락분 추가
간소화 자료 일괄제공 동의 마감	1월 19일 전후	근로자	회사가 자료를 직접 수신하려면 사전 동의 필요
회사 제출 기한	1월 20일 ~ 2월 중순	근로자	회사별 내부 마감일 다름 (보통 2월 둘째 주까지)
급여 환급 반영 시점	2월 급여(2월 말)	회사	환급금 또는 추가 납부 반영
원천징수 신고 마감	3월 10일	회사	국세청에 지급명세서 제출 완료
정정·보완 신고 가능 기간	5월 종합소득세 신고 시 (5월 1일~6월 2일)	근로자	누락된 공제 항목 재신고 가능

즉, 직장인이 연말정산을 준비해야 하는 실제 기간은 1월 15일~2월 중순까지입니다.
그 이후는 회사와 국세청이 정산 절차를 처리하는 단계입니다.

 

 

 

3. 근로자가 해야 할 일

① 1월 15일 이후
국세청 홈택스(또는 손택스)에서 연말정산 간소화 서비스를 통해
의료비, 보험료, 신용카드 사용액, 교육비, 기부금 등의 공제자료를 조회합니다.

② 간소화 자료 일괄제공 동의(선택사항)
회사가 일괄제공 방식을 사용하는 경우,
1월 중순까지 홈택스에서 ‘자료 제공 동의’를 해야
회사 담당자가 자동으로 자료를 받을 수 있습니다.

③ 직접 제출 방식인 경우
간소화 자료를 내려받아 PDF 파일로 저장 후
회사 인사팀 또는 급여 담당자에게 1월 말~2월 초까지 제출합니다.
회사 내부 마감일은 근로계약서나 공지사항을 반드시 확인해야 합니다.

추가팁!
일부 회사는 더존, 인사노무시스템 등 자체 연말정산 프로그램을 사용하는 경우도 있습니다.
이때는 홈택스에서 받은 PDF를 지정된 경로에 업로드해야 하며,
파일명을 “연말정산_홍길동.pdf” 등으로 바꾸지 않으면 시스템이 인식하지 못하는 사례도 있습니다.

또한 맞벌이 부부의 경우 자녀 공제 대상자를 미리 정해야 중복 신고를 피할 수 있습니다.
한쪽만 자녀·부양가족 공제를 받을 수 있으므로, 부부 간 사전 협의가 중요합니다.

 

 

 

4. 회사에서 하는 절차

• 근로자가 제출한 자료를 검토 및 입력
• 공제 항목별 누락 여부 확인
• 2월 급여 계산 시 환급·추가 납부 반영
• 2월 말까지 ‘근로소득 원천징수영수증’ 발급
• 3월 10일까지 국세청에 최종 신고 완료

이 절차가 모두 끝나면,
환급금은 2월 말 급여명세서에 포함되어 자동 입금됩니다.

 

 

 

5. 연말정산을 놓쳤을 때 대처 방법

혹시 바빠서 자료를 제때 제출하지 못했더라도,
다음 방법으로 충분히 보완할 수 있습니다.

① 5월 종합소득세 신고 기간(5월 1일~6월 2일)
홈택스에서 ‘근로소득자 추가 신고’ 메뉴를 통해 누락된 공제 항목을 입력하면
환급을 다시 받을 수 있습니다.

② 경정청구(최대 5년까지 가능)
연말정산 후에도 누락된 공제나 잘못 계산된 세액이 있으면
신고일로부터 5년 이내에 경정청구를 통해 추가 환급을 요청할 수 있습니다.

즉, 정산을 놓쳐도 환급 기회는 최대 5년 동안 유지됩니다.

실제 사례
A씨는 회사 마감일(2월 10일)을 놓쳐 공제자료를 제출하지 못했지만,
5월 종합소득세 신고 기간에 홈택스에서 의료비·기부금 내역을 추가 입력해 약 42만 원의 환급을 다시 받았습니다.
B씨는 경정청구를 통해 공제 누락분을 보완해 2년 뒤 약 25만 원을 돌려받았습니다.
즉, 기한을 놓쳐도 끝난 것이 아니라 반드시 보완할 수 있는 기회가 존재합니다.

 

 

 

6. 자주 놓치는 핵심 포인트

• 의료비 누락: 간소화 서비스에 미등록된 병원·한의원 영수증은 직접 추가해야 함
  → 비급여 시술(예: 미용 목적)은 공제 제외. 누락 시 홈택스 ‘공제자료 추가 입력’에서 직접 첨부 가능
• 교육비 누락: 학원·온라인 강의는 직접 입력 대상인 경우 많음
  → 아이디형 학원 결제는 간혹 누락되므로 카드 결제내역과 함께 확인 필요
• 기부금 누락: 종교단체의 경우 종단 명칭 불일치로 조회되지 않는 사례가 있으니 직접 입력 필수
• 간소화 자료 일괄제공 미동의: 회사가 자료를 못 받으면 정산 지연
• 배우자나 부양가족 공제: 주민등록상 함께 살지 않아도 실질적 생계 부양이면 가능
• 환급금 지급 시기: 회사마다 급여일이 달라 2월 말 또는 3월 초 반영

 

 

 

7. 연말정산 준비 체크리스트

• 1월 15일 이후 홈택스 간소화 자료 확인
• 자료 누락 시 직접 추가 입력
• 회사 간소화자료 일괄제공 여부 확인
• 1월 말까지 회사 제출(또는 동의 완료)
• 2월 급여명세서에서 환급금 반영 확인
• 5월~6월 보완 신고 또는 경정청구 가능 여부 확인

 

 

 

8. 실제 사례 모음

① 서류 누락으로 환급이 줄어든 사례
직장인 김모 씨는 의료비와 교육비는 제출했지만,
작년 말에 낸 기부금 영수증을 깜빡해 환급이 30만 원 이상 줄어드는 일이 있었습니다.
5월 종합소득세 신고 기간에 추가 입력 후 환급을 정상적으로 다시 받았습니다.

② 간소화 서비스 오류로 누락된 사례
한의원 진료 영수증이 간소화에 반영되지 않아 누락된 사실을 뒤늦게 알게 된 사례도 있습니다.
이 경우 병원에서 영수증 원본을 재발급받아 홈택스에서 직접 추가 입력하면 문제없이 처리됩니다.

③ 맞벌이 부부의 중복 공제 오류
맞벌이 부부가 자녀 공제를 동시에 신청해 공제 취소가 된 사례가 있습니다.
한쪽만 공제받도록 수정 신고하면 정상 환급이 가능했습니다.

 

 

 

9. 요약 및 마무리

연말정산의 핵심은 1월 15일~2월 중순까지 자료 제출을 완료하는 것입니다.
이 시기를 놓치더라도 5월 종합소득세 신고나 5년 이내 경정청구를 통해 누락된 공제를 보완할 수 있습니다.

연말정산은 단순한 세금 환급 절차가 아니라,
한 해 재무 습관을 점검하고 절세 습관을 다듬는 기회입니다.
올해는 미리 간소화 자료를 점검하고, 회사 내부 마감일을 정확히 확인해
제출 기한을 놓치지 않도록 하세요.